商家最怕的投诉部门包括：
消费者协会：
消费者协会专门处理消费者与商家之间的纠纷，一旦认定商家存在侵害消费者权益的行为，可能会将其不良行为曝光，严重影响商家声誉。
工商行政管理部门：
若商家有虚假宣传、销售假冒伪劣商品等违法行为，工商部门可依法处罚，甚至吊销营业执照。
税务部门：
被举报偷税漏税会面临巨额罚款和信用受损。
劳动监察部门：
对有员工的商家也有监管权，员工投诉不签合同、拖欠工资等问题，商家将面临法律责任和经济赔偿。
法院：
向法院提起诉讼具有强大威慑力，商家败诉需承担法律和赔偿责任，且诉讼耗费大量时间精力，影响经营。
12315投诉举报专线电话：
这是工商局下属部门，有民事调解权，无行政和司法裁判权以及惩戒权。投诉人可以通过这个热线投诉，若投诉属实，商家将受到行政处罚。
12358物价局投诉电话：
用于解决消费中遇到的价格、服务、质量等问题。
其他行政部门：
如物价局、产品品质监管部门、价格监管部门等，也会对商家的经营行为进行监管和处罚。
综上所述，商家最害怕的投诉部门主要是消费者协会、工商行政管理部门、税务部门、劳动监察部门、法院以及相关行政部门（如物价局、产品品质监管部门、价格监管部门）。这些部门都有权对商家的违法行为进行调查和处理，对商家声誉和经济利益造成严重影响。因此，商家应严格遵守相关法律法规，诚信经营，以减少投诉和纠纷的发生。