日本代购的商品通常需要经过以下海关：
日本海关：
首先，商品需要从日本发货，经过日本海关的检查。如果货物价值较高或者数量较多，可能需要缴纳关税和其他税费。
香港海关：
对于从日本到香港的代购商品，通常会先寄到香港，由香港收货人接收并申报，然后再将货物以快件方式报关进入内地。这种方式适用于大量货物或高价值货物，因为可以全包运费和关税。
中国海关：
根据选择的清关方式，货物可能还需要通过中国海关的检查。例如，如果选择从日本直接通过EMS快递到国内，则需要确保申报真实且海关同意，否则可能会遇到问题。此外，不同地区的海关（如北京、上海、广州等）可能会有不同的清关政策和流程，代购者需要密切关注物流信息，以防货物被扣留或征税。
总结来说，日本代购的商品一般需要经过日本海关、香港海关和中国海关的检查。选择合适的快递方式和清关方式可以降低风险和等待时间。