农村合作医疗（新农合）转诊的办理流程通常包括以下几个步骤：
正常转诊流程
在县级医院首诊，如果病情需要转诊到上级医院，由县级医院开具转诊证明。
携带转诊证明到县农合办公室，进行盖章备案，并发送电子信息至目标医院。
在目标医院持转诊证明就诊，开立住院证、缴费，并办理新农合接诊住院治疗。
出院时，转诊证明需经科室签字盖章，并持新农合知情同意书及其他医院要求的资料进行结算出院。
非正常转诊流程
如果未经县级医院诊疗而直接到上级医院就诊，或其他原因县级医院未开具转诊证明，需要电话或现场至农合办公室提供相关资料进行备案，并发送信息至目标医院。
在目标医院持相关资料就诊，开立住院证、缴费，并办理新农合接诊住院治疗。如果无转诊证明，则先于上级医院就诊并补办上述流程。
异地就医转诊
预约并了解异地就医医院的流程和费用标准，确认医院是否有合作，并了解报销政策。
到当地农村合作医疗机构办理转诊手续，取得转诊证明。
异地就医结束后，提交费用清单和转诊证明进行报销。
电子转诊流程
患者须持二代身份证和县医院开具的转院证明，在入院前到县新型农村合作医疗管理机构办理审批。
信息通过省级信息平台自动转换，市级定点医疗机构可以接收到转诊人员的基本信息。
特殊情况下的转诊
对于急诊或重症精神病患者，不需办理纸质转诊，可通过电话直接实施电子转诊。
请注意，各地的新农合转诊政策可能有所不同，具体流程和要求建议咨询当地的卫生部门或新农合办事机构。