根据《工资支付暂行规定》第16条，用人单位在扣除员工工资时，必须遵循以下原则：
因劳动者本人原因造成的经济损失：
用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失，这部分赔偿可以从劳动者的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
扣除后的剩余工资：
如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则用人单位必须按照最低工资标准支付工资。
因此， 扣除工资的最高限额是员工当月工资的20%。例如，如果某员工当月工资为5000元，那么单位最多可以扣除1000元作为赔偿。
此外，需要注意的是，用人单位在扣除工资时，必须提供充分的证据证明经济损失的存在和扣除的合理性，并且扣除过程必须符合法律法规的规定，不能随意扣除员工工资。如果员工对扣除有异议，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。