办理木材运输证通常需要遵循以下步骤和准备相应的材料：
准备材料
木材运输证申请表；
申请人或经办人的身份证明原件及复印件；
林木采伐许可证或者合法来源证明；
植物检疫证；
检尺码单；
若是转运木材，则需提交原木材运输证（非必需）；
其他可能需要的文件，如育林基金征收票据、行政处罚决定书或司法机关裁定文书、拍卖木材的票据等。
提交申请
申请人持上述材料向当地林业局或政务服务中心综合服务窗口提出申请。
审核流程
窗口工作人员核验申请材料，确认无误后受理；
审查人员对材料进行审查，并在规定时限内作出审查决定；
符合审批条件的，出具《木材运输证》；
不予通过的，出具《不予许可决定书》。
领取结果
申请人按约定的方式到行政服务中心领证窗口领取办理结果。
请注意，不同地区的具体办理流程和所需材料可能有所差异，建议提前咨询当地林业部门获取最新信息。