商铺过户费用的计算涉及多个方面，具体如下：
个人所得税
卖方需缴纳的个人所得税为房屋现值与房屋原值差额的20%或房屋评估价的3%。
买方需缴纳的个人所得税为房屋成交价与当年购入价、装修费、契税、印花税等差额的20%。
契税
买方需缴纳的契税为房屋评估价的3%。
营业税
卖方需缴纳的营业税为房屋评估价与房屋原值差额的5.5%或房屋评估价的5.5%。
若房产证满五年，则免征营业税。
土地增值税
卖方需缴纳的土地增值税为房屋评估价与房屋原值差额的30%至60%或房屋评估价的30%至60%。
印花税
交易双方需缴纳的印花税为房屋成交价的0.05%。
房屋评估费
由专业评估机构对房产进行评估的费用，通常为评估价值的0.1%至0.5%。
房屋交易手续费
由房产交易中心收取的办理过户手续的费用，一般为几百元至几千元不等，具体金额根据当地政策和房产面积而定。
房屋产权登记费
通常为550元。
示例计算
假设某店铺的交易金额为100万元，具体费用计算如下：
卖方费用
个人所得税：100万元 × 3% = 3万元
营业税：100万元 × 5.5% = 5.5万元
土地增值税：100万元 × 40% = 40万元（取中间值）
印花税：100万元 × 0.05% = 500元
评估费：100万元 × 0.2% = 2000元
过户手续费：1000元
买方费用
契税：100万元 × 3% = 3万元
印花税：100万元 × 0.05% = 500元
交易手续费：按6元/平方米计算，具体金额根据当地政策而定
产权证印花税：5元
总费用
总过户费用 = 卖方费用 + 买方费用
建议在实际交易过程中，咨询当地房产交易中心或专业中介，以获取最准确的税费计算和支付方式。