工伤二次手术的申请流程如下：
领取并填写备案表
用人单位或职工本人到市社会保险中心工伤科领取《工伤职工二次住院申请备案表》，并填写相关信息，加盖单位公章。
至定点医院填写病史及医疗经过
持备案表至定点医院，填写病史及医疗经过，并由医院提出二次住院意见并加盖公章。
备案盖章
将备案表送至市社会保险中心工伤科进行备案盖章，用人单位和工伤科各持一份。
治疗结束后的费用报销
治疗结束后，用人单位在30日内办理医疗费报销手续。
费用审核
工伤科在收到申报材料后，10个工作日内完成费用审核。
办理结账手续
用人单位到市社会保险中心基金统计科办理结账手续。
注意事项：
工伤二次手术必须是由于工伤导致的，并且符合工伤保险诊疗项目目录、工伤保险药品目录、工伤保险住院服务标准等规定。
具体的报销条件和流程可能因地区和具体情况而有所不同，建议工伤职工在申请报销前，先咨询当地的工伤保险机构或者社保部门，了解具体的报销流程和所需材料。
以上流程和所需材料仅供参考，具体操作时请以当地社会保险中心的要求为准。