工商部门在实施《公司法》中遇到的主要问题包括：
股东增加注册资本和改制企业货币出资比例问题：
这些问题涉及注册资本的增加以及改制企业在货币出资方面的比例，需要明确相关法规和操作流程。
公司章程修改方式问题：
公司章程的修改需要遵循一定的法律程序，确保修改过程的合法性和有效性。
未成年人的股东资格问题：
关于未成年人是否具备股东资格，需要相关法律法规进行明确。
公司退出制度不完善问题：
公司退出市场时，相关的制度安排需要更加完善，以便有序地进行清算和注销。
抽逃出资行为认定难问题：
抽逃出资行为的认定存在一定的难度，需要明确相关法规和认定标准。
相互持股的问题：
相互持股可能带来一系列复杂的法律和管理问题，需要制定相应的规定进行规范。
此外，企业工商管理中还存在以下常见问题：
管理制度不健全：
企业内部管理制度存在缺陷，影响企业正常运营。
市场竞争力和管理水平不足：
生产与市场部门协调不畅，管理混乱，机制僵化，组织结构缺乏灵活性。
企业自身价值定位不明确：
企业未能有效结合市场需求与自身生产模式。
创新管理不足：
企业缺乏技术创新、产品创新和管理创新。
管理者素质需提升：
管理者需要具备丰富的管理经验、专业知识、领导能力以及跨文化管理和创新思维。
企业社会责任管理缺失：
企业需承担社会责任，而不仅仅是追求经济利润。
网络营销与电子商务应用不足：
未能充分利用互联网技术发展线上市场。
人力资源管理问题：
缺乏正确的人力资源管理理念。
法律法规合规问题：
企业对法律法规不熟悉或故意违规，导致合法合规问题。
企业信用问题：
存在拖欠款项、虚假宣传等信用问题。
知识产权保护不足：
面临知识产权侵权和假冒伪劣产品问题。
网络安全问题：
随着互联网发展，企业面临黑客攻击、信息泄露等网络安全风险。
建议企业应建立健全的管理制度，提升管理者和员工的素质，加强法律法规合规意识，注重企业社会责任和信用建设，积极应用网络营销和电子商务，以及加强知识产权保护和网络安全措施，以应对当前工商管理的挑战。