棚户区改造的管理部门主要归属 不同层级的政府部门，具体如下：
国务院
国务院负责制定房屋拆迁法规、规章、方针和政策，并监督、检查和指导各地房屋拆迁工作。
建设部
建设部作为全国城市房屋拆迁工作的主管部门，负责制定相关法规、规章、方针和政策，并监督、检查和指导各地房屋拆迁工作。
省住房建设厅
省住房建设厅在省政府的领导下，负责全省范围内的住房建设和城中村（棚户区）改造办公室的管理工作。
市城中村（棚户区）改造办公室（市棚改办）
市棚改办负责具体实施市内的棚户区改造项目，包括监管棚改房屋的建设和分配工作。
区城棚改办
区城棚改办负责将市棚改办的任务分解到各街道办事处，具体执行棚户区改造的相关工作。
街道办事处
街道办事处在市、区棚改办的指导下，负责具体的棚户区改造任务落实和居民安置工作。
综上所述，棚户区改造工作涉及多个层级的政府部门，从国务院到地方各级人民政府和相关部门，共同参与和协调棚户区改造的实施。