股票质押登记费的计算方式如下：
500万股以下（含）部分：
按该部分面值的1‰收取。
超过500万股的部分：
按该部分面值的0.1‰收取。
起点：
100元。
因此，如果质押的股票市值为1000万元，那么手续费的计算如下：
500万元以下部分：1000万元 × 1‰ = 1000元
超过500万元部分：500万元 × 0.1‰ = 500元
总计：1000元 + 500元 = 1500元
建议在实际操作中，具体费用可能会根据不同的金融机构或政策有所调整，建议提前咨询相关金融机构以获取最准确的信息。