去日本签证的护照办理程序如下：
准备阶段
提前办理护照，给颁发护照的机关以足够的时间，避免临时抱佛脚。
护照是出国人员的重要身份证件，持照人应妥为保管，护照上所有项目，均不得污损、涂改。
防止护照遗失、被窃，一旦遗失或被盗，应立即报告相关机构。
申请表格填写
填写签证申请表，该表格可以在日本使馆官网下载。
表格需要贴好照片，并且认真核对护照上的姓名、性别、出生地等信息。
提交申请资料
携带身份证、户口簿、照片等必要材料。
递交资料时，需要缴纳相应的费用，并拿回执作为领取护照的凭证。
领区划分
根据申请人户籍所在地，选择相应的领区进行签证申请。
通过旅行社办理
可以选择通过旅行社代理办理，所需材料包括护照原件、照片、身份证、户口本等。
旅行社审核材料后，递交至日本使馆。
领取护照
审核通过后，等待领取护照。领取时，应核对护照信息无误后签名。
其他注意事项
护照有效期应大于6个月。
签证申请可能需要面试或提交指纹等生物识别信息。
建议提前准备好所有材料，并选择合适的办理方式，以确保签证申请过程顺利。