集体产权的房子存在以下缺点：
不能完全满足业主的自主性：
部分购房者不愿意拥有集体产权，因为这种产权形式下，业主的自主性受到限制，例如不能改变房屋外观，不能挑选业主等。
缺乏科学的管理机制：
集体产权的房子往往缺乏有效的管理机制，导致业主的问题难以及时解决。
缺乏保障政策：
在拆迁时，集体产权的房子往往无法享受与其他产权形式相同的补偿政策，业主的利益容易受到威胁。
无法进行合法的买卖、置换、赠与、继承、析产或转让：
由于集体产权的房子没有房产证，因此无法进行这些法律行为，即使私下交易，也无法获得法律上的保障。
不能设定他项权利：
集体产权的房子无法设定抵押权、典权等他项权利，因为这些权利的设立需要以房产证为登记凭证。
拆迁无补偿或补偿不足：
集体产权的房子在拆迁时，业主往往无法按国家政策及相关拆迁法规获得合理的拆迁补偿。
易产生纠纷：
由于集体产权的房子没有明确的法律保障和有效的合同，容易产生纠纷，且一旦产生纠纷，法律不予保护。
村民证不合法：
有些开发商为了规避法律规定，给城镇户口的消费者办理农村村民证书，这种证书毫无用处，不能作为法律纠纷的证据。
运作不灵活：
集体产权的房子在运作上需要得到大部分或所有产权人的同意，这使得其在转让、出租等方面变得非常不灵活。
土地产权制度不明晰：
当前农村土地集体产权制度存在不明晰、不平等、不完整的问题，不能适应市场经济发展的要求，反而成为生产力发展的桎梏。
综上所述，集体产权的房子在自主性、管理机制、法律保障、权利设定、拆迁补偿等方面都存在明显的缺点，购房者需慎重考虑。