招标代理机构归属的政府部门主要涉及以下几类：
中央投资项目招标代理机构
由国家发展改革委负责资格认定工作。
工程建设项目招标代理机构
由建设部（现可能由住房和城乡建设部）负责资格认定工作。
机电产品国际招标机构
由商务部负责资格认定工作。
政府采购代理机构
由财政部负责资格认定工作。
药品招标代理机构
由省、自治区、直辖市药品监督管理部门受理并报国家药品监督管理局和卫生部备案。
科技项目招标代理机构
由科技部负责资格管理。
建议
明确需求：在选择招标代理机构时，首先要明确项目的类型和需求，以便选择相应的主管部门进行资质查询和筛选。
合法资质：确保选择的招标代理机构具备相应的资质和资格，以保证招标过程的合法性和规范性。
监管要求：了解各主管部门的监管要求和处罚措施，以便在招标过程中遵守相关规定，避免潜在的法律风险。