渔船登记部门主要涉及以下几种情形：
全国渔业船舶登记工作由农业部主管，具体工作由中华人民共和国渔政局负责。
地方各级渔业行政主管部门主管本行政区域内的渔业船舶登记工作，具体登记机关为县级以上地方人民政府渔业行政主管部门所属的渔港监督机关。
远洋渔业船舶登记由渔业船舶所有人向所在地省级登记机关申请办理。
中央在京直属企业所属远洋渔业船舶登记由渔业船舶所有人向船舶所在地的省级登记机关申请办理。
综上所述，渔船登记部门为 县级以上地方人民政府渔业行政主管部门或其所属的渔港监督机关，具体办理地点根据船舶类型（本地或远洋）和注册地的不同而有所区别。建议您根据船舶的实际情况选择最近的登记机关进行登记。