商铺合同纠纷的诉讼时效存在不同的规定，具体如下：
普通诉讼时效
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，如果商铺租赁合同或买卖合同中的任何一方认为自己的权益受到侵害，可以在三年内提起诉讼。
特殊诉讼时效
对于商铺租赁合同纠纷，特别是涉及承租人拒付或延付租金的情况，诉讼时效为一年。这一规定来源于《民法典》第一百九十四条。
起诉期限
商铺合同纠纷的起诉期一般为二年，从当事人发现或应当发现权益受到侵害之日起计算。如果超过这个期限，当事人将失去起诉权。
审理期限
商铺租赁合同纠纷案件的审理期限取决于审理方式。普通程序的审理期限为六个月，而简易程序的审理期限为三个月。
建议
尽早行动：无论适用哪种诉讼时效，当事人应尽早提起诉讼，以保护自己的合法权益。
了解具体情形：根据纠纷的具体情形（如租金支付问题、合同解除等），选择合适的诉讼时效进行诉讼。
咨询专业律师：在提起诉讼前，建议咨询专业律师，以确保合法合规地行使权利。
这些规定为商铺合同纠纷的诉讼时效提供了明确的法律依据，帮助当事人更好地维护自身权益。