员工合同的存档流程一般包括以下几个步骤：
合同规范性审查与编码
对劳动合同的规范性进行审查，确保合同符合相关法律法规的要求。
对劳动合同进行编码，编码规则通常按照签订劳动合同的顺序生成3位流水码。
登记劳动合同台账
建立劳动合同单独的台账，台账内容包括员工的姓名、员工编码、入职日期、劳动编号、劳动合同签订的起止日期等。
将编好码的劳动合同登记到劳动合同台账中，并注明是第几次续签劳动合同。新上线的系统可以定期根据建立的劳动合同台账更新。
劳动合同的归档
将编好码的劳动合同按照顺序号整理归档，归档时要注意档案的整齐整洁，保证按顺序号排列，无错排和缺号的情况。
存档管理与保存
用人单位应依法妥善保存好劳动合同，对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
可以采取以下措施来妥善保存劳动合同文本：
建立指定专人专管制度，将劳动合同文本及时存放在指定地点，并定期清理劳动合同存档情况，查漏补缺。
建立实行劳动合同签收备案表制度，载明员工姓名、职务、劳动合同起止时间等基本内容，请员工签字确认后妥善保管。
如果发生劳动合同文本遗失的，应与员工协商补签劳动合同文本。
数字化存档
建议采用数字化存档方式，将合同数字化可以减少纸质合同的存储空间，降低合同管理的成本。
可以通过扫描合同文件或直接使用电子合同的方式进行数字化存档，并使用合同管理软件进行合同信息的维护和查询，实现合同信息的快速检索。
通过以上步骤，可以有效地对员工劳动合同进行存档和管理，确保合同信息的完整性和可追溯性，同时降低管理成本和提高工作效率。