处理短款的方法如下：
记入“其他应收款”科目
将短款（或长款）先记入“其他应收款”科目，待查明原因后再进行后续处理。
查明原因
仔细回忆并核对相关的现金收付业务，查找可能的原因。
如果无法在内部找到原因，可以暂时挂账处理，并报告上级或会计主管寻求帮助。
分类处理
记账差错：如果短款是由于记账错误造成的，应及时更正错误。
出纳人员失职：如果短款是由于出纳人员失职或玩忽职守造成的，应由出纳人员赔偿，并记入“其他应收款”科目。
非常损失：如果短款是由于非常损失（如被盗、自然灾害等）造成的，则转入“营业外支出”科目。
无法查明原因：如果短款无法查明原因，可以经批准后转入“管理费用”科目。
内部控制和审计
加强内部控制，确保现金管理的规范性和准确性，避免类似情况再次发生。
定期进行内部审计和现金盘点，确保账实相符。
报告和记录
发生短款后，应及时向上级报告，并按照公司内部规定进行记录和审批。
客户投诉处理
如果短款涉及客户投诉，应迅速查明原因并妥善处理，避免影响客户关系和公司声誉。
通过以上步骤，可以有效地处理短款问题，并防止类似情况再次发生。