驾校可以直接扣钱的原因主要在于学员在签署合同时已经默认接受了所有合同条款，这包括费用。通常，驾校不会设立过多的管理或服务费用，这些费用一般是按照学习时间和初次入学的培训学费进行扣除的。例如，如果科目二和科目三的学习时间共计62个小时，那么根据合同约定，每个小时的费用将被直接扣除，即学员实际学习的小时数对应相应的学费会被扣除。
此外，费用中可能还包括一些额外的服务成本，例如建档费用、体检费用等，这些费用在学员给驾校交钱时已经包含在内，因此驾校在学员完成学习后可以直接扣除这部分费用。
总的来说，驾校可以直接扣钱是因为学员在合同中已经同意了相关费用条款，并且这些费用通常是为了覆盖驾校提供的服务和管理的成本。